El Mundial Alemania 2006 es uno de los más recordados por los aficionados de la Selección Mexicana, pues para la opinión pública ha sido una de las mejores participaciones del Tri en una Copa del Mundo y para Francisco 'Kikin' Fonseca, es sin duda, un Mundial inolvidable.
El Tricolor en esa ocasión enfrentó a Irán, Angola y Portugal en la fase de grupos, siendo en este último partido, cuando 'Kikín' se estrenaría como goleador en una Copa del Mundo.
El 21 de junio del 2006 México perdió 2-1 ante los lusitanos, sin embargo, a pesar de la derrota, el momento fue inolvidable para el atacante mexicano.
Corría el minuto 29' y tras el cobro de un tiro de esquina desde la punta de la izquierda y un gran centro de Pavel Pardo, Fonseca se anticipó a su marca y remató a segundo poste para mandar el esférico al fondo de las redes para poner cifras definitivas en el marcador.
Ese gol, significó que Francisco Fonseca saliera de la cancha del ahora llamado VELTINS-Arena con el trofeo al mejor jugador del partido (MVP), algo inédito, pues es muy raro que le den ese premio a un integrante de la selección que perdió.
Además, aquel cabezazo le valió para ser contratado por el Benfica de Portugal al finalizar la Copa del Mundo Alemania 2006.